सुप्रीम कोर्ट ने 1967 के उस फैसले को पलट दिया है जिसमें कहा गया था कि चूंकि अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय (एएमयू) एक केंद्रीय विश्वविद्यालय है, इसलिए इसे अल्पसंख्यक संस्थान नहीं माना जा सकता। कोर्ट ने कहा कि मामले के दस्तावेजों को मुख्य न्यायाधीश (सीजेआई) के पास भेजा जाए ताकि एक नई बेंच का गठन किया जा सके जो 2006 के इलाहाबाद हाई कोर्ट के फैसले की वैधता पर निर्णय ले।
शुक्रवार, 8 नवंबर 2024 को सुप्रीम कोर्ट की सात-न्यायाधीशों की संविधान पीठ ने एएमयू के अल्पसंख्यक दर्जे के मामले में चार अलग-अलग निर्णय दिए। इनमें से तीन फैसले असहमति में हैं। सीजेआई ने अपने और जस्टिस संजीव खन्ना, जेबी पारदीवाला और मनोज मिश्रा के लिए बहुमत का फैसला लिखा है। जस्टिस चंद्रचूड़ ने कहा कि जस्टिस सूर्य कांत, दीपांकर दत्ता और सतीश चंद्र शर्मा ने अपने-अपने असहमति के फैसले लिखे हैं।
जनवरी 2006 में इलाहाबाद हाई कोर्ट ने 1981 के कानून के उस प्रावधान को खारिज कर दिया था जिसके तहत एएमयू को अल्पसंख्यक दर्जा दिया गया था। 1 फरवरी को सर्वोच्च न्यायालय ने एएमयू के अल्पसंख्यक दर्जे से जुड़े इस कठिन मुद्दे पर कहा कि 1981 के एएमयू अधिनियम में संशोधन कर इसे आंशिक रूप से अल्पसंख्यक दर्जा तो दिया गया था लेकिन इसने 1951 से पहले की स्थिति पूरी तरह से बहाल नहीं की।
बीजेपी के नेतृत्व वाली एनडीए सरकार ने पहले 1981 के एएमयू अधिनियम संशोधन को स्वीकार करने से इनकार कर दिया और कहा कि अदालत को 1967 में एस अजीज बाशा बनाम भारत सरकार मामले में पांच न्यायाधीशों की संविधान पीठ के फैसले के अनुसार ही चलना चाहिए। संविधान पीठ ने तब माना था कि चूंकि एएमयू एक केंद्रीय विश्वविद्यालय है, इसलिए इसे अल्पसंख्यक संस्थान नहीं माना जा सकता।
2005 में एएमयू ने अपने स्नातकोत्तर मेडिकल पाठ्यक्रमों में मुस्लिम छात्रों के लिए 50% सीटें आरक्षित की थीं, जिसे इलाहाबाद हाई कोर्ट में “डॉ. नरेश अग्रवाल बनाम भारत संघ” (2005) मामले में चुनौती दी गई थी। हाई कोर्ट ने इस आरक्षण नीति को रद्द कर दिया, जिसके बाद एएमयू और भारत सरकार ने 2006 में सुप्रीम कोर्ट में इस फैसले को चुनौती दी। 2014 में, एनडीए सरकार ने इस अपील को 2016 में वापस ले लिया, परंतु एएमयू और अन्य संबंधित संगठनों ने चुनौती जारी रखी।
एएमयू के अल्पसंख्यक दर्जे के पक्ष में वकालत करने वाले वरिष्ठ वकील कपिल सिब्बल और अन्य ने तर्क दिया कि मात्र 180 सदस्यीय गवर्निंग काउंसिल में से 37 मुस्लिम सदस्य होने का तथ्य इस पर सवाल नहीं उठाता कि यह मुस्लिम अल्पसंख्यक संस्था है।
वहीं, सॉलिसिटर जनरल तुषार मेहता जैसे अन्य लोगों का तर्क था कि एक विश्वविद्यालय जो केंद्र से भारी धन प्राप्त कर रहा है और जिसे राष्ट्रीय महत्व का संस्थान घोषित किया गया है, वह किसी विशिष्ट धार्मिक समूह से संबंधित होने का दावा नहीं कर सकता। उन्होंने यह भी तर्क दिया कि 1951 के एएमयू अधिनियम में संशोधन के बाद, जब मुहम्मदन एंग्लो-ओरिएंटल कॉलेज ने एक विश्वविद्यालय का रूप ले लिया और केंद्र सरकार से धन प्राप्त करना शुरू किया, तब इसने अपना अल्पसंख्यक दर्जा खो दिया।
अल्पसंख्यक दर्जा का विरोध करने वाले एक वकील ने यहां तक कहा कि 2019 से 2023 के बीच एएमयू ने केंद्र सरकार से 5,000 करोड़ रुपये से अधिक प्राप्त किए, जो दिल्ली विश्वविद्यालय, एक केंद्रीय विश्वविद्यालय, को मिले फंड से लगभग दोगुना है।
एएमयू के अल्पसंख्यक दर्जे का विवाद पिछले कई दशकों से कानूनी उलझनों में फंसा रहा है।